Где хранятся виндовые шары

В реестре, конечно. :)

Собственно, винда это файлы и реестр, который, правда, в конечном счёте тоже файлы из %windir%\system32\config.

За шаринг файлов на компе отвечает служба Server, настройки которой находится в HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\LanManServer. Помимо прочего там есть ключик HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\lanmanserver\Shares.

Например, для переноса файлового сервера на новую ОС достаточно:
1. Экспортнуть вышеуказанный раздел в файл
2. На новом сервере добиться совпадения букв дисков
3. Импортнуть раздел из файла и ребут (альтернативный вариант -- рестарт службы server)

Инфа хранится в юникоде и даже если буквы дисков не совпадают -- их мона поменять.